La fermentation est le mécanisme centrale derrière la production de kéfir ; c’est un processus biologique au cours duquel des micro-organismes, tels que des bactéries et des levures, convertissent des substrats organiques (ici du sucre) en énergie (utile pour les micro-organismes) et en gaz (ce qui permet d’avoir une boisson pétillante)
Il s’agit d’une voie métabolique anaérobie, ce qui signifie qu’elle se produit en l’absence d’oxygène ou avec une quantité limitée d’oxygène.
Une certaine chaleur ambiante est nécessaire afin de favoriser l’activité des micro-organismes, environ 25 à 30°C.